ppxu@如何高效地读完一周的 CNS？

[[ppxu 讲解例子]]

如何锻炼阅读文献的能力呢？如何快速获取一篇文章的要点呢？Reference #card

• 进入实验室的新生需要在每周一的组会上讲解上一周 CNS 杂志上跟生物医学相关的全部文献

• 由于 Nature 是北京时间周四凌晨更新，Science 是周五凌晨，而 Cell 是半月刊，因此对于新生而言，需要在三天左右的时间消化 1025 篇（没有 Cell 的话 10 篇左右，有 Cell 的话再加 1015 篇）最前沿的学术文章，并且做成 PPT 汇报。

• 有时候新生还有课程和实验，因此时间就显得更紧张，进实验室的第一年，周末基本上都用来看文献了。还好 Reference 并不需要讲的很细，但也得讲成一个自圆其说的小故事。

作为直博三年级的学生，Reference 本来跟我的关系已经不大了，但是为了给新生示范一下如何讲解文献，因此我在本周的组会上汇报了上周 CNS 上的生物医学相关的全部文献，一共 28 篇。#card

• 我自己看了 3 天（不能算高效，但在高效的路上），感觉看到缺氧，一方面是因为文章虽然都跟生物医学相关，但是涉及的领域实在千差万别，需要一定的基础知识才可以消化；另外还有部分文章真的脑洞大开，思路新奇，几乎超出了我目前的理解范畴，只能读个大概。

• 下面我从切身的体验出发，聊一下自己的一些浅薄的想法。

• 最后，也将我花了很多时间整理的上周的 CNS 生物医学相关的文献要点和 PPT 分享给大家。

如何快速消化一篇文献？拿到一篇文献后，不妨先问自己几个问题：#card #incremental

• （1）这篇文章属于什么领域或方向？

• （2）解决了什么问题？为什么这个问题这么重要？

• （3）使用了什么方法和模型？为什么这个方法可以解决这个问题？

  • 带着问题读文献，明白每一段需要干什么

• （4）核心结论是什么？下一步还可以怎么做？

#card 使用人为的坐标来精确定位文献在生物医学中的具体位置，久而久之，将这些散落的知识点联结起来，最后形成一张知识网络。

• 纵向来看，生物过程包括个体层面、组织器官层面、细胞层面、分子层面以及原子层面等。

• 横向切分，这个过程属于什么范畴，比如表观遗传学、免疫、神经生物学、发育生物学等。

• 现阶段的文献，分子层面的机制偏多。由中心法则延展开来，分子无非 DNA、RNA 和蛋白质，这些分子的排列组合起来参与一些特定的过程，比如 DNA 复制、DNA 转录、RNA 翻译、RNA 修饰、组蛋白修饰、非组蛋白修饰等等。当然还有染色体整体层面出发的，比如染色体高级结构调控等。

积累细分领域知识：每次读论文发现一个新的研究方向或主题，创建一个对应的文件夹#card

• 归类的过程也是慢慢消化和整理的过程。尽量让读过的文献逐渐融入自己的知识体系，而不是读过就读过了。

• 当文献是孤零零时，你很难记住成千上万个孤零零的知识点；但是一旦成为体系，就更容易记住了，此为内化。

• 比如很火热的【RNA修饰&二级结构&编辑】二级目录

（2）这篇解决了什么问题？为什么这个问题这么重要？#card

• 我老板经常在组会上问我们的一个问题是，这篇文章为什么能发在 CNS 上？如果这个问题能回答清楚，其实文章基本上也就消化了。

• 能发在 CNS 上的研究每一篇都有故事，我们需要挖掘这背后的故事：

  • 有的是困扰学术界几十年的难题，今天终于获得解答，比如施一公他们关于剪接体结构的解析；

  • 有的是颠覆人们认知的新发现，比如此前人们认为，脑中没有淋巴管，但 2018 年 8 月 9 日的 Nature 封面文章就报道，在大脑中清楚地观察到了脑膜淋巴管；

  • 还有的是让几十年的争论尘埃落定，比如终于发现了引力波。

• 在文章的第一句，作者通常就会说明自己为什么要做这个研究，以及这个研究为什么这么重要；而且会在文章的第一段或者第一部分进行详细的说明，多花时间思考这个问题远胜于你花时间弄懂每一幅图说什么。

（3）这篇文章使用了什么方法和模型？为什么这个方法可以解决这个问题？#card

• 对于 Nature 的 Articles、Science 的 Research Articles 以及 Cell，每一部分都有小标题，快速浏览后，我们可以知道这篇文章分为几个部分，每个部分作者打算做什么工作。对于 Nature 的 Letters 和 Science 的 Reports，不妨先看每一段的第一句话，就可以知道该部分要做什么。

（4）核心结论是什么？下一步还可以怎么做？ #card

• 文章的核心结果都在图里面，这个时候可以去看图了，这个图证明了什么，为什么能支持这个结论。如果你是这个研究方向的，那么最后很有必要看 Discussion 部分，作者会对文章的核心观点做一个回顾，并且会讨论下一步的计划，具有一定的启发性。

• 其实哪怕我现在博士四年级，我也依然会碰到自己此前从来没接触的研究主题，但相比一年级，这种事情发生的概率要低得多。万一碰到自己不熟悉的，尤其是方法学的开发，会非常晦涩难懂，而且尤其对于* Nature* 和 Science，其篇幅是有规定的，因此要求作者极度凝练。碰到这种情况，不妨把摘要和 Introduction 部分多读几遍，读不懂反复读，亲测非常有效。书读百遍其义自见，文献亦然，古人诚不我欺也。

在文献阅读过程中，留意科学史，注意科学问题的延续性。比如这几年非常火热的相分离（phase seperation），#card

• 你自己画一条时间线，哪一年谁最先发现这个现象，哪一年谁做出了关键突破。

• 自己尝试写一个简短的综述，熟悉经典的工作以及行业的大牛，今后读起来会觉得：哦，这篇文章的作者是“老熟人”，他之前做出过什么重要的工作……